宇宙誕生以前ー

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​無限に広がる暗闇の中生まれた邪悪な物質『ナビア』

放たれる光にはすべてを滅ぼすほどの力が宿されていた。

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惑星ノンリニアのケラス族を筆頭に、ナビアの力は封じ込められ銀河の平和は保たれていた。

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しかし、ナビアの力で銀河を滅ぼそうと目論む人間にケラス族は虐殺され、ナビアをうばいとれてしまった。

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20年後ー

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幼いころ虐殺の様子を人間側から目撃していた　“アリシア・L・ストレーム”　は、人間の行為に疑問を抱き、ナビアを盗み出す。

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そのころ、人間の侵略によって故郷惑星ノンリニアを追われた　“ノヴァ・ベネット”　と偶然出会い、人間の計画を止めるために力を合わせ戦いに挑むのだが…

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